仙剑三的故事发生在九州大陆上，凤凰城中突然降下一场带有神秘力量的大雨，出现了以前从未出现过的异类，仙族、魔族、人族的三族之战也由此正式拉开帷幕。
故事的开始是围绕着主角任逍遥、白子画和阿奴展开的。前两者本是一对青梅竹马，可在大战中不愉快的发现了彼此的身份。白子画原来是叶家老爷白子涵之女，而任逍遥则是天尊之子，传说中的九幽之一。而阿奴则是被任命为阴世之主的化身神仙，与三人有着各自的羁绊和苦衷。
故事的主要篇章是展现了九州大陆的部分场景和人物的一些历史。除了上面提到的四位之外，还有两位女主角，一位是青丘上仙百里屠苏，一位是骄阳似火的厉飞鸾。整个故事的走向比较宏大，情节丰富多样。其中几场行囊绝对让你看得十分过瘾。
总体来说，《仙剑三》是一部相当优秀的作品。其剧情紧凑，设定丰富，画面唯美。